No/VOL: 04/2009 Page no. 50-52
Authors: Stanisław Osowski , Artur Wiliński :
Title: Metoda hierarchiczna optymalnej selekcji genów do rozpoznania nowotworów na podstawie macierzy ekspresji genów
Abstract: Praca przedstawia hierarchiczne podejście do selekcji genów odpowiedzialnych za choroby nowotworowe. Metoda składa się z dwu etapów. W pierwszym etapie zastosowano 8 różnych metod wartościowania genów według ich zdolności rozpoznawczej, w tym 2 metod opartych na liniowej sieci SVM, dyskryminancie Fishera, analizie korelacyjnej danych oraz zastosowaniu hipotez statystycznych, (3 odmiany metody Kołmogorowa-Smirnowa oraz test Wilcoxona). Na podstawie statystycznych wyników selekcji 100 najlepszych genów wyselekcjonowanych przy użyciu każdej metody w drugim etapie przetwarzania poszukuje się cech wspólnych, które traktuje się jako cechy optymalne, najlepiej różnicujące próbki danych należących do różnych klas nowotworowych. W pracy skoncentrowano się na wynikach eksperymentów numerycznych i ich analizie dla trzech przypadków nowotworów: białaczka, nowotwór prostaty i płuc. Pokazano, że zaproponowane podejście pozwala uzyskać dobre wyniki separacji różnych rodzajów nowotworów, widoczne zarówno na obrazie graficznym rozkładu macierzy ekspresji jak i w miarach numerycznych jakości separacji.
Key words: Macierz ekspresji genów, selekcja genów, metody statystyczne selekcji, SVM